Até o ano de 1800 a cidade de Pederneiras era ocupada por índios, com a revolução de São Paulo e Minas Gerais, nos anos de 1841 e 1842, inúmeros habitantes desses estados se embrenharam pelos sertões para fugir do recrutamento, esses retirantes acompanharam o curso do rio Tietê, que se tornou via de acesso para os bandeirantes.

Três sertanistas de nome Manoel dos Santos Simões e seus filhos Manuel Leonel dos Santos e João Leonel dos Santos compraram e fizeram registro de posse das terras na sede paroquial de Botucatu e deram o nome ao local de Fazenda Pederneiras.

O nome da cidade se dá devido a grande quantidade de pedra-de-fogo.

Em 1865 a fazenda e depois povoado desligou-se de Botucatu, passando a pertencer ao município de Lençóis. Em 1877 a doação de um terreno possibilitou a construção da capela de São Sebastião da Alegria e depois foi criada a paróquia sobre a responsabilidade do 1º vigário, padre Nicolau Scorachio.

Em 1889 foi elevada à categoria de Freguesia, ainda subordinada ao município de Lençóis. Somente em 22 de maio de 1891, foi criado o município de São Sebastião da Alegria e somente quatro anos depois o município voltou ao nome de Pederneiras.

A sede municipal foi elevada à categoria de cidade em 19 de dezembro de 1906, e a comarca foi criada em 1927.

O município de Pederneiras foi criado com grande extensão territorial e compreendia os municípios de Reginópolis, Iacanga, Arealva e Boracéia, na época a cidade era a de maior extensão territorial do Estado.